2022年1月11日 星期二

物種遺傳檢測之親緣關係樹製作教學

 用遺傳檢測判斷蝸牛物種的方式是利用CO1 DNA和16S rRNA二個遺傳片段,二者的結果通常會一致。此外,通常也可以看出不同產地之間的地理親緣關係,然而此段變異區較短(~650bp)且容易飽和,如果要更詳細的看出各族群的遺傳標誌或特有的片段以了解演化方向就不太適合過度解釋。(即使有些碩士論文或小報會用。)

大致流程:

1.到genebank下載近緣物種和外群的遺傳資料

 2.用軟體編寫相同的遺傳區段

 3.計算出親緣關係樹、美編,也可能需要再挑選合適的近緣種或計算方法

 

首先上網搜尋關鍵字genebank,到NCBI網站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 下載親緣關係接近的物種以及幾個外群。

步驟2和3使用MEGA免費軟體,操作步驟如下:

https://www.youtube.com/watch?v=wPRCLnF2NYk


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